Existe um processo no Zabbix que é responsável por eliminar os itens de coletas e configurações antigos, chamado Housekeeper.
É comum que quando você está começando a trabalhar com Zabbix você não esta muito preocupado em tempo de coleta e armazenamento, tempos depois você provavelmente terá problema com o processo de housekeepeer.
Existem algumas formas de resolver isso, no entanto, o ideial é que no setup do ambiente, faça o particionamento das tabelas, dessa forma a principal tabela de armazenamento são history e trend são recriarias diariamente ou seja, o Zabbix não tem mais a responsabilidade de deleta-lás.
Outro ponto é você sempre ter o banco de dados dedicado no ambiente e nunca compartilhado no mesmo servidor.
